Politeknik Statistika STIS adalah perguruan tinggi kedinasan di lingkungan Badan Pusat Statistik. Pembinaan secara fungsional Politeknik Statistika STIS dilaksanakan oleh Kepala Badan Pusat Statistik, namun secara pembinaan secara teknis akademik dilaksanakan oleh menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pendidikan tinggi dalam hal ini adalah Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi.
Politeknik Statistika STIS yang dikenal saat ini mempunyai catatan riwayat yang cukup panjang dalam pembentukannya, dimulai dengan berdirinya Akademi Ilmu Statistik (AIS) sampai menjadi Politeknik Statistika STIS seperti sekarang. Pada tanggal 11 Agustus 1958, Perdana Menteri Republik Indonesia waktu itu, Ir. H. Djuanda, mengeluarkan Surat Keputusan No. 377/PM/1958 tentang berdirinya Akademi Ilmu Statistik. Tujuan utama pendidikan AIS adalah mendidik tenaga pelaksana kegiatan statistik pada tingkat semi ahli yang mampu melaksanakan dan mengembangkan perstatistikan nasional. Tiga tahun kemudian AIS sudah menghasilkan lulusan. Pada awalnya AIS mendapat bantuan dana dan tenaga ahli dari Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB). Bantuan disalurkan melalui Statistical Research and Development Centre yaitu lembaga yang didirikan oleh Pemerintah Indonesia c.q. Biro Pusat Statistik (BPS) bekerjasama dengan badan PBB, United Nations Development Programme (UNDP).
Pada tahun 1964 BPS membuka Perguruan Tinggi Ilmu Statistik (PTIS) dengan mahasiswa yang terdiri dari lulusan AIS dan dosen yang berasal dari PBB. Tujuannya adalah meningkatkan pendidikan untuk lulusan AIS. Namun pada tahun 1965 bantuan ini terhenti karena Indonesia keluar dari PBB, dan sejak saat itu PTIS ditutup. Walaupun PTIS sudah tidak beroperasi, AIS tetap melaksanakan proses pendidikan.
Dengan persetujuan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Ditjen Dikti) melalui Surat No. 295/D/T/97 tanggal 24 Pebruari 1997 tentang diijinkannya Badan Pusat Statistik (BPS) menyelenggarakan Program Pendidikan Diploma IV, kemudian diterbitkan Keppres No. 163 Tahun 1998 tentang STIS di bawah naungan BPS, maka sejak saat itu berdirilah STIS dengan dua jurusan yaitu jurusan Statistika dan jurusan Komputasi Statistik.
Undang-Undang Republik Indonesia No. 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi menyatakan bahwa Sekolah Tinggi merupakan Perguruan Tinggi yang menyelenggarakan pendidikan akademik dan dapat menyelenggarakan pendidikan vokasi dalam satu rumpun ilmu pengetahuan dan/atau teknologi tertentu dan jika memenuhi syarat, sekolah tinggi dapat menyelenggarakan pendidikan profesi. Dengan demikian, bentuk kelembagaan Sekolah Tinggi tidak lagi sesuai bagi STIS yang tidak menyelenggarakan pendidikan akademik. Oleh karena itu, STIS mengubah bentuk kelembagaannya menjadi Politeknik yang merupakan Perguruan Tinggi yang menyelenggarakan pendidikan vokasi dalam berbagai rumpun ilmu pengetahuan dan/atau teknologi dan jika memenuhi syarat, politeknik dapat menyelenggarakan pendidikan profesi.
Pada tanggal 3 Oktober 2016 Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia menerbitkan Surat keputusan Nomor 429/KPT/I/2016 tentang Pembukaan Program Studi Komputasi Statistik Program Diploma Empat, Program Studi Statistika Program Diploma Empat, dan Program Studi Statistika Program Diploma Tiga dalam rangka perubahan bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Statistik menjadi Politeknik Statistika STIS di Jakarta yang diselenggarakan oleh Badan Pusat Statistik. Kemudian disusul oleh Surat Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia kepada Kepala Badan Pusat Statistik Nomor 179/M/IX/2016 tanggal 9 September 2016 tentang Rekomendasi Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Statistik menjadi Politeknik Statistika STIS. Selanjutnya, Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Republik Indonesia juga mengeluarkan Surat Nomor B/479/M.KT.01 2017 pada tanggal 19 September 2017 yang menyetujui perubahan status Sekolah Tinggi Ilmu Statistik menjadi Politeknik Statistika STIS. Kemudian, pada tanggal 17 Oktober 2017 diterbitkan Peraturan Kepala Badan Pusat Statistik No 87 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Statistika STIS. Pada akhirnya, Politeknik Statistika STIS resmi di-launching pada tanggal 28 Maret 2018.